Ο ναός της Παναγίας είναι το μοναδικό κτίριο που σώζεται μέχρι σήμερα και μάλιστα σε άριστη κατάσταση από το μοναστήρι του Κύριε Ελέησον που υπήρξε ο προπομπός του οικισμού των Καπετανιανών.
Στο ναό μπορείτε να θαυμάσετε τις μοναδικές τοιχογραφίες της λεγόμενης Ιδεαλιστικής Σχολής, που δημιουργήθηκαν από αγιογράφους της Κωνσταντινούπολης το 1402 και που αποτέλεσαν τη βάση για τη δημιουργία της διάσημης Κρητικής Σχολής.
